sannp.metroの書式

sannp.metroのテンプレートは、 sannp --metro-temp で出力できます。

行頭が#または!の行はコメントとして扱われます。

SWAPPING、GEOMETRYが各セクションの始まりを表し、次の行以降がセクションの内容になります。GEOMETRYは必須です。

maxSteps

モンテカルロ計算のステップ数です。

numGeoms

生成する構造数です。この数だけ構造を生成すると、計算が停止します。

unknownGeoms

未知の構造のみを出力対象とします。強化学習に使用します。未知構造の判定には、NNP学習時に生成された対象関数の分布(sannp.gdist)を参照し、近い対称関数の値を持つ構造が十分にない場合に未知とします。

temperature

メトロポリス法におけるボルツマン因子の温度(K)です。

upperEnergy

エネルギーの上限値(eV/atom)です。この値より大きいエネルギーを持つ構造には遷移しません。

lowerEnergy

エネルギーの下限値(eV/atom)です。この値より小さいエネルギーを持つ構造には遷移しません。

withShift

メトロポリス法における遷移過程として原子の変位を使う(1)か使わない(0)かの指定です。

shiftCoord

原子の変位距離(Å)です。

shiftInit

計算を開始する前に、全ての原子をランダムに変位させる(1)かしない(0)かの指定です。

shiftCoordInit

計算を開始する前の原子の変位距離(Å)です。

SWAPPING

遷移過程として原子の入れ替えを設定します。

1行目に入れ替えペアの数、2行目以降に入れ替えペアを元素名で指定します。元素名としてXを使うと空孔の意味になります。同じ元素名をペアにすることはできません。

SWAPPINGセクションがない場合、遷移過程として原子の入れ替えを使いません。

例

2
Si C
Si X

GEOMETRY

初期構造を設定します。

1行目に原子数、2～4行目に格子ベクトル、5行目以降に元素名・原子座標(Å)を指定します。元素名としてXを使うと空孔の意味になります。原子座標の後ろにfixと記載すると、その原子は固定されます。

例

108
12.11678900   0.00000000   0.00000000
 0.00000000  12.11678900   0.00000000
 0.00000000   0.00000000  12.11678900
X        0.222057  -0.330325  -0.114595
Al       0.003512   1.943050   2.047290
Al       2.050750  -0.070341   1.960020
Al       1.912160   2.024660  -0.301394 fix
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