NanoLabo Tool同梱計算エンジン¶
Windows版¶
NanoLabo Toolインストール先の exec.WIN にQuantum ESPRESSO( qe )、LAMMPS、MPIの実行ファイルがあります。
実行ファイルのパスを環境変数 Path に設定していただくと便利です。一時的に追加するには、以下を実行してください。
set Path=C:\Program Files\AdvanceSoft\NanoLabo\exec.WIN\qe;C:\Program Files\AdvanceSoft\NanoLabo\exec.WIN\lammps;C:\Program Files\AdvanceSoft\NanoLabo\exec.WIN\mpi;%Path%
また、永続的に追加するには、システムのプロパティから環境変数 Path を編集してください。
Quantum ESPRESSOでDFT計算(SCF計算)を実行するには、 pw.exe に入力ファイルを渡して実行します。
PW.inp の実行例¶pw.exe -in PW.inp 1> PW.out 2> PW.err
mpiexec.exe -n 4 pw.exe -in PW.inp 1> PW.out 2> PW.err
LAMMPSで分子動力学計算を実行するには、 lammps.exe に入力ファイルを渡して実行します。
lammps.in の実行例¶lammps.exe < lammps.in 1> lammps.out 2> lammps.err
mpiexec.exe -n 4 lammps.exe < lammps.in 1> lammps.out 2> lammps.err
Linux版¶
NanoLabo Toolインストール先の exec.LINUX にQuantum ESPRESSO( qe_parallel )、LAMMPS( lammps_parallel )、MPIの実行ファイルがあります。
実行時には mpi/lib にある動的ライブラリが必要ですので、環境変数 LD_LIBRARY_PATH に設定するため、以下を実行してください。
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/AdvanceSoft/NanoLabo/exec.LINUX/mpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
また、環境変数 PATH、およびOpen MPIの環境変数 OPAL_PREFIX の設定が必要ですので、以下を実行してください。
export PATH=/opt/AdvanceSoft/NanoLabo/exec.LINUX/mpi/bin:$PATH
export OPAL_PREFIX=/opt/AdvanceSoft/NanoLabo/exec.LINUX/mpi
注釈
MPIの実行ファイル・ライブラリはNeuralMD本体のインストーラー、NanoLabo Toolインストーラーの両方に含まれています。
前者はインストール先の mpi 、後者はインストール先の exec.LINUX/mpi に配置されます。
内容は同じものですので、環境変数にはどちらか片方のみを設定していただければ大丈夫です。
計算エンジンの実行ファイルのパスも環境変数 PATH に設定していただくと便利です。
export PATH=/opt/AdvanceSoft/NanoLabo/exec.LINUX/qe_parallel:/opt/AdvanceSoft/NanoLabo/exec.LINUX/lammps_parallel:$PATH
Quantum ESPRESSOでDFT計算(SCF計算)を実行するには、 pw.x に入力ファイルを渡して実行します。
PW.inp の実行例¶pw.x -in PW.inp 1> PW.out 2> PW.err
mpirun -n 4 pw.x -in PW.inp 1> PW.out 2> PW.err
LAMMPSで分子動力学計算を実行するには、 lammps に入力ファイルを渡して実行します。
lammps.in の実行例¶lammps < lammps.in 1> lammps.out 2> lammps.err
mpirun -n 4 lammps < lammps.in 1> lammps.out 2> lammps.err