slhmc.propの書式

slhmc.propのテンプレートは、 slhmc --template で出力できます。

行頭が#または!の行はコメントとして扱われます。

restart

デフォルト:

1

0の場合、最初から力場生成を実行します。1の場合、slhmc.restartおよびフォルダ内のその他のファイルから情報を読み込み、力場生成を再開します。

initialTrain

デフォルト:

200

初期構造から第一原理分子動力学計算を行う際のステップ数です。この構造を元に初期ニューラルネットワーク力場を作ります。0に設定した場合、フォルダにある力場ファイル ffield.sannp を初期力場として使います。

refreshTrain

デフォルト:

1

新規に（ restart 0 と設定して）実行した場合、フォルダ内にある以前の教師データを使う(0)か新たに最初からデータを作る(1)かの設定です。

acceptedOnly

デフォルト:

0

ニューラルネットワークの教師データとして、モンテカルロ法で採択された構造だけを使う(1)か、棄却されたものも含めた全ての構造を使う(0)かの設定です。

nnpDumpAll

デフォルト:

0

ニューラルネットワーク力場を使った分子動力学計算で、原子座標等のファイル出力を全ステップで行う(1)か、最初と最後のステップのみで行う(0)かの設定です。

nnpSteps

デフォルト:

10

ニューラルネットワーク力場を使った分子動力学計算の（初期）ステップ数です。

nnpStepsAuto

デフォルト:

1

ニューラルネットワーク力場を使った分子動力学計算のステップ数を、モンテカルロ法の採択率に応じて自動的に変更する(1)か、固定する(0)かの設定です。

nnpStepsMax

デフォルト:

2000

ニューラルネットワーク力場を使った分子動力学計算のステップ数の上限です。

nnpStepUp

デフォルト:

0.20

モンテカルロ法の採択率がこの値以上になった場合に、ニューラルネットワーク力場を使った分子動力学計算のステップ数を増やします。

nnpStepDown

デフォルト:

0.05

モンテカルロ法の採択率がこの値以下になった場合に、ニューラルネットワーク力場を使った分子動力学計算のステップ数を減らします。

dftSteps

デフォルト:

100

ニューラルネットワークの再学習を行うまでに何回モンテカルロステップを行うか（＝何回第一原理計算を行うか）の設定です。

trainSteps

デフォルト:

50

ニューラルネットワークの再学習を行う回数です。指定した回数の再学習が終わったら、実行を終了します。

timeStep

デフォルト:

0.25

ニューラルネットワーク力場を使った分子動力学計算、および初期ニューラルネットワーク力場を作るための第一原理分子動力学計算の時間刻み(fs)です。

temperature

デフォルト:

300.0

メトロポリス法で使う温度(K)です。

nphMethod

デフォルト:

asNptMC

SLHMCのプロセス中にセルの変形を行うかどうかの設定です。noneを指定すると変形を行わず、初期構造のセルを維持します。aprioriを指定すると、ニューラルネットワーク力場による分子動力学計算の前にNPHによるセルの変形を行います。asNptMCを指定すると、ニューラルネットワーク力場による分子動力学計算をNPHで行います。

aprioriNPH 1 を指定した場合、 nphMethod apriori と同じ設定になります。

nphBoxType

デフォルト:

tri

セルの変形を行う場合の制約条件の設定です。

iso	等方的な変形を許す
aniso	x,y,z軸方向の伸縮を許す
tri	任意の変形を許す
xy-iso yz-iso xz-iso	2つの軸方向の同じ割合での伸縮を許す
xy-aniso yz-aniso xz-aniso	2つの軸方向の伸縮を許す
xy yz xz	2つの軸を含む面内の任意の変形を許す
x y z	1つの軸方向の伸縮を許す

nphPressure

デフォルト:

1.0

セルの変形を行う場合の圧力(bar)です。

nphPresDamp

デフォルト:

250.0

セルの変形を行う場合の圧力のダンピング時定数(fs)です。

endProperty

以降のファイル内容はコメントとして扱われます。