インストール手順 (Linux)¶

インストールの準備¶

本ソフトウェアのインストールには、インストーラーを使用します。それぞれ以下のリンクからダウンロードしてください。

Advance/NeuralMD (ver.2.0)

Advance/NanoLabo Tool (ver.3.1)

Advance/NanoLabo GNNP (ver.3.1)

端末（ターミナル）で、インストーラーのあるディレクトリに移動します。実行権限を付与したら、まずAdvance/NeuralMDのインストーラーを実行します。

$ chmod +x install_neural_linux.bin install_nanolabo_tool_linux.bin
$ ./install_neuralmd_linux.bin

注釈

インストーラーはコンソールモード（GUIを表示せず、CUIで操作が完結する）でも動作します。もしGUIが無い環境で、実行時にコンソールモードにならない場合は

$ ./install_neuralmd_linux.bin -i console

のように実行してください。

言語の選択画面が出た場合は、インストール中に使用する言語を選択してください（ソフトウェア本体で使用する言語ではありません）。

画面の指示に従い、インストールの設定を行ってください。

注釈

書き込み権限のない場所にはインストールできません。インストール先として書き込み権限のある場所（ /home/ユーザー名/AdvanceSoft/NeuralMD など）を指定するか、書き込み権限のあるユーザーでインストーラーを実行してください。

フローティングライセンスでクライアントとして使用する場合、Sentinel-LDK-RTEをインストールしますか？でいいえを選択してください。

ライセンスサーバーが異なるネットワークセグメントに存在する場合は、次の画面でライセンスサーバーのIPアドレスまたはホスト名を入力してください。ここで指定しない場合でも、後からライセンスサーバーのIPアドレスまたはホスト名を設定することは可能です。詳細はフローティングライセンスの設定を参照してください。

設定が終わると要約の画面が表示されます。

最後の画面で完了をクリックすると、Advance/NeuralMDのインストールが終了します。

続けて、Advance/NanoLabo Toolのインストーラーを実行します。

$ ./install_nanolabo_tool_linux.bin

画面の指示に従い、インストールの設定を行ってください。

インストール後、最後の画面で完了をクリックすると、Advance/NanoLabo Toolのインストールが終了します。

FAIR-ChemまたはSevenNetを使う場合は、Advance/NanoLabo GNNPも同様にインストールしてください。

Advance/NanoLabo Toolに同梱された計算エンジン（Quantum ESPRESSO・LAMMPS）の使用方法については、NanoLabo Tool同梱計算エンジンを参照してください。

NeuralMDの実行時には mpi/lib にある動的ライブラリが必要ですので、環境変数 LD_LIBRARY_PATH に設定するため、以下を実行してください。

デフォルトの場所にインストールした場合の例¶

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/AdvanceSoft/NeuralMD/mpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

また、環境変数 PATH 、およびOpen MPIの環境変数 OPAL_PREFIX の設定が必要ですので、以下を実行してください。

デフォルトの場所にインストールした場合の例¶

export PATH=/opt/AdvanceSoft/NeuralMD/mpi/bin:$PATH
export OPAL_PREFIX=/opt/AdvanceSoft/NeuralMD/mpi

注釈

MPIの実行ファイル・ライブラリはNeuralMD本体のインストーラー、NanoLabo Toolインストーラーの両方に含まれています。

前者はインストール先の mpi 、後者はインストール先の exec.LINUX/mpi に配置されます。

内容は同じものですので、環境変数にはどちらか片方のみを設定していただければ大丈夫です。

NeuralMDの実行ファイルのパスも環境変数 PATH に設定していただくと便利です。

デフォルトの場所にインストールした場合の例¶

export PATH=/opt/AdvanceSoft/NeuralMD/bin:$PATH

ライセンスの設定・更新の手順に従ってライセンスの設定を行ってください。

トライアル版から製品版にアップグレードされる場合、新たにインストールを行う必要はありません。ライセンスの更新を参考にしてライセンスのみを更新してください。
新しいバージョンにアップデートされる場合、上書きインストールを行うことも可能ではありますが、あらかじめ以前のバージョンをアンインストールするか、インストール先を変更していただくことをお勧めします。
メジャーバージョンが新しいNeuralMDにアップデートする場合は、ライセンスの更新が必要です。ライセンスの更新を参考にしてライセンスを更新してください。

端末（ターミナル）でインストール先の _NeuralMD_installation ディレクトリにある Change NeuralMD Installation を起動します。

$ AdvanceSoft/NeuralMD/_NeuralMD_installation/Change\ NeuralMD\ Installation

画面の指示に従い、アンインストールを行ってください。

Advance/NeuralMDのアンインストールが終わったら、同様にAdvance/NanoLabo Toolをアンインストールしてください。

注釈

アンインストールの際に、インストールログファイルが残る場合があります。また、FlexNetライセンスをご利用の場合は、ライセンスファイルは削除されずに残ります。その際はお手数ですが手動で削除してください。

注釈

Sentinel-LDK-RTEを後からアンインストールするには、Sentinel-LDK-RTEインストーラーに入っている dunst を実行してください。